文档、文件夹和顶层条目经常被混淆。虽然它们乍一看可能相似，但它们具有不同的含义和功能，任何特定的条目都可以是一个文档、一个文件夹、一个顶层条目，既是一个文档又是一个顶层条目，既是一个文件夹又是一个顶层条目，或者以上皆不是。
让我们分别定义一下：
你可以将任何条目标记为文档，例如通过键入
/document或按 Ctrl+Alt+Shift+D（在 Mac 上为 Cmd+Opt+Shift+D）。这将产生一些效果，你可以在文档文章中了解更多信息。将某物标记为文档的主要目的是表明这通常是你处理该文档内容时想要放大到的级别。但是，如果文档位于文件夹中或有父级，你可以进一步缩小到那些级别，或者你可以放大到该文档的子条目。大多数人为他们做笔记的每个讲座或文章，或者他们想要书写或思考的每个细分主题创建一个文档，然后将这些文档组织成更大的文件夹，如“化学”、“编程语言”或“城市”。
以下是一些非顶层条目的文档示例，使用基于 Johnny Decimal System 的知识库层级结构（你可以在每个文档名称下方的粗体字中看到文件夹的层级结构）：
文件夹类似于文档，但它仅用于组织文档。文件夹只能包含其他文件夹和文档，不能包含其他条目。
顶层条目是指没有任何父级的条目。通常，顶层条目 会被标记为文档或文件夹，但它们并非必须如此。例如，如果你通过在引用、标签或全局搜索中按 Ctrl+Enter 创建一个新的顶层 条目，它将不是文档或文件夹。许多人喜欢为他们在正在编写的文档中出现的、但他们还没有太多信息的命名概念或想法创建顶层条目。如果你经常这样做，你将能够通过反向链接看到你引用每个概念的所有位置，并且如果你以后需要，你将有一个准备好的地方来放置更多关于它的信息。将出现在多个文档和来源中的概念提升到顶层 条目，随后通过传送门将它们显示在每个文档中也很有用。
以下是一些顶层条目示例：
