文档、文件夹和顶层条目经常被混淆。它们乍看相似，但含义和作用各不相同：任何一个条目都可以是文档、文件夹、顶层条目，也可以既是文档又是顶层条目、既是文件夹又是顶层条目，或者都不是。
下面分别说明：
你可以把任何条目标记为文档，例如输入
/document，或按 Ctrl+Alt+Shift+D（Mac 上为 Cmd+Opt+Shift+D）。标记后会产生几种效果，详见文档相关文章。把条目标记为文档，主要是表明：处理这篇文档的内容时，你通常会放大到这一级。不过，如果文档位于某个文件夹中或有其他父级，你也可以继续缩小到那些层级，或者放大到文档的某个子条目。大多数人会为每一讲课程、每篇读过的文章，或每个想写、想思考的细分主题各建一篇文档，再把这些文档整理进「化学」「编程语言」「城市」这类更大的文件夹。
下面是一些不是顶层条目的文档示例，所用知识库按 Johnny Decimal 系统组织层级（每个文档名称下方显示它所在的文件夹层级）：
文件夹与文档类似，但只用来整理文档。文件夹里只能放其他文件夹和文档，不能放其他条目。
顶层条目是任何没有父级的条目。顶层条目常常会被标记为文档或文件夹，但并非必须如此。例如，在引用、标签或全局搜索中按 Ctrl+Enter（Mac 上为 Cmd+Return）新建的顶层条目，就既不是文档也不是文件夹。
很多人喜欢为正在写的文档里出现、但暂时还没有太多信息的命名概念或想法创建顶层条目。经常这样做的话，你可以通过反向链接看到所有引用了某个概念的地方；以后需要补充信息时，也已经有现成的位置可以写。
把在多个文档和来源中出现的概念提升为顶层条目，再通过传送门在各个文档中显示，也很有用。
下面是一些不是文档的顶层条目示例：
